配套建设尾水净化区，面积占池塘面积8%以上，做到养殖尾水达标排放和循环利用。按功能分为三级净化区域。其中一级净化区采用排水沟，作为初级沉淀池，初步沉淀养殖尾水中的大颗粒有机物，沟内需种植一些水生植物，如凤眼莲、水花生等，覆盖面积为水面的30%～50%；二级净化区即池塘尾水净化池，平均水深1.5m。主要功能为承接排水沟的养殖尾水。采用U型渠模式延长净化时间，利用生物膜载体、种草、投螺、放养滤食性鱼类加强净化效果；三级净化区为周边内部河道，主要承接二级净化区来水，进行深度净化。两岸栽种芦苇、蒲草、再力花等挺水植物，深水区投放螺蛳、花白鲢，可放养少量青虾。建立起具备三级净化功能的生态湿地系统，对氮磷等有机物进行降解。

根据苏州大学为期一年的水质监测结果显示，池塘及尾水氨氮水平全面达到国家Ⅱ类水标准（指标值0.5mg/L，优于太湖一级排放标准）；总氮经净化后平均指标为0.52mg/L，优于外水环境0.69mg/L（符合地表水三类水质标准，优于太湖一级排放标准），显示有减氮效果；总磷净化后平均值为0.05mg/L，优于外水环境0.069mg/L（符合地表水二类水质标准，优于太湖一级排放标准）。

养殖基地符合《绿色食品产地环境质量》（NY/T 391）规定，建有独立进、排水系统，设有尾水处理区域。水源充足、无污染，符合《渔业水质标准》（GB 11607）要求。